Перед применение буля проверяем STL Check, если ошибок нет, то булем и мнова проверяем. Если появились ошибки, то не удаляя STL Check, добавляем Edit Mesh, и на уровне полигонов или краев (в зависимости от вида ошибок) удаляем неудачности. Затем применяем CapHoles.Снова STL Check. Этот метод часто помогает, НО НЕ ВСЕГДА удается получить то, что хотел.