Вы бы хоть написали в какой программе...
А так, многие программы 3д (3д макс, к примеру) используют многоядерность в основном только при рендере, а при работе в вьюпорте обычно все делается одним ядром, т.е. у вас все правильно работает. Отсюда следует, что для комфортной работы с 3д требуется высокая производительность на одно ядро, т.е. говоря по простому, нужна высокая частота одного ядра. А у вас, судя по комплектации, частоты очень небольшие, так что возможно в этом и причина.
Так же нужна и видеокарта с достаточным объемом видеопамяти, у вас же всего 3Гб, этого может быть мало для комфортной работы.