К сожалению у меня сейчас нет под рукой RealFlow, но в настройках то-ли жидкости, но скорее всего объекта есть параметр овечающий за расстояние между поверхностью и атомами (если не ошибаюсь offset что-то там), если не сможешь найти напиши мне на abv@aha.ru я на работе гляну.