ну так есть же отдельная закладка типа Bump Level или чего-то в этом роде.. в настройках каждой текстурной карты.
Я так делал панельный дом, где панели со швами, фактура панелей, окна разных типов и т.д. - всё в одной Composite Map.
Да и альфа-канал в общем-то не нужен.. я масками вполне обошёлся...