По идее этого не должно происходить.При "Merge" объектов подгружаются только те материалы которые непосредственно связанны с этими объектами.Иначе редактор будет просто перегружен не нужными материалами.И это (я считаю)более разумным чем тратить время на очистку слотов.Для "перекидки"материалов существуют другие более контролируемые инструменты.
Но с другой стороны в связи с проектом "Экскалибур" когда "ребята" из Аутодеск заранее честно извинились за возможные "неудобства" в период работы над максом сейчас уже ни чему не удивляюсь.