А что такого вдруг с Boolean случилось такого, что он "такого нарежет"? Я им каждый день по многу раз пользуюсь (Макс 3.1) и очень доволен.
Уж Box-ы то нарезать проблем вообще никаких нет, главное перед Boolean операцией компоненты перевести в Editable Mesh (т.е. сколлапсить стек модификаторов объекта).
Для очень сложных объектов полезно сделать следуещее:
После операции Boolean вновь полученный объект конвертнуть в Editable Mesh, и сделать Weld (с небольшим значением параметра) тем вертексам (эти вертексы будут автоматически выделены, когда откроется вкладка Editable Mesh --> Edit Vertex), которые образовались после Boolean операции.
Удачи.