Вот смотри, у тебя есть стакан? Все, клево у тебя есть стакан. Берешь его, выделяешь внутренние полигоны по уровень воды. Модель воды должна максимально повторять модель стакана во избежание артефактов при рендере. Теперь делай - Detach. Затем Flip Normals, и затем Convert to Editable Poly.
После этого войди в подобъект, уровень - Border. Выдели линию сверху (ну у тебя там дырка сверху, а должна быть вода) и нажми Cap. Меш появится сверху. Теперь подобъект, уровень - Polygon.
Выделяй этот меш и нажимай кнопоку Bevel (только не саму ее, а маленькую кнопочку рядом). Обрати внимание на настоящий стакан воды, она никогда не имеет идеально ровную поверхность. У краев стакана имеется как правило небольшой подъем. Скажешь мелочь, только эта мелочь офигенно подчеркивает краешек воды за счет своего поблескивания. Этот инструмент позволит сделать такой карешек и саму поверхность воды (если понадобиться наличие полигонов на ней). Собсно все.
Теперь примени модификатор Push и немного увелич воду. Она должна пересекаться со стаканом иначе будет неправильное преломление, будет казаться что в стакане твердый объект (опять смотри на настоящий стакан воды, в нем никогда не будет видно толщины стенок посуды).
Напротив не рекомендую пользоваться boolean поскольку он не дает замкнутого объема, что важно для прозрачных объектов.