Merge Edge - это объединение ребер одной поверхности, когда жмешь show naked edges эти ребра точками разделяются.
Как я понял, ты скруглить не можешь из-за кривых ребер - так как fillet у меня никогда нормально не работал, я привык делать одним извращенским способом:
1. Делаю кривую из ребра нужной поверхности
2. Если она рваная, то правлю и соединяю ее (ничего, что ее форма чуть-чуть отклонится от ребра)
3. Создаю на начале этой кривой круг around curve нужного диаметра и пускаю его по ней с помощью 1 rail.
4. Ищу intersection получившейся трубы с поверхностями
5. Созданными кривыми пересечения отрезаю края этих поверхностей, делаю им join и затем blend между отрезанными частями!