Не знаю, правильно ли я понял вопрос, но булевые операции в этом случае годятся? Берешь и обрезаешь свой объект А по форме объекта Б.
А если нужно, чтобы твой объект А "растекался" по поверхности объекта Б, то тогда физическая модель (Stitch или Reactor).