Это не глюк.... просто перед булевой операцией объекты желательно подготовить ручками, чтобы было меньше "левых" рёбер... но если число ребер в объектах не совпадает... то после буля, также ручками veld-ишь совсем близкостоящие vertex (а можно даже и не совчем близкостощие, в зависимости от ситуации)....