Сюжет таков. Спустя несколько лет после событий первой серии земляне возвращаются на Пандору во всеоружии и играючи захватывают свою базу назад. Сопротивление немногочисленной группы ученых и На’ви жестоко подавляется. Благодаря подоспевшему на помощь Торуку, Джейку Салли удаётся избежать плена и скрыться в джунглях. Там он снова обращается к Эйве и среди тысяч голосов Дерева Душ распознаёт голос Грэйс. Та обещает помочь, но пока не ясно как. Тем временем, земляне, организовав мощную круговую оборону, начинают планомерно и цинично истреблять природу Пандоры, используя уже совсем других ученых, которые опираются на многовековый опыт человечества по уничтожению всего живого на Земле. Подвергая пленных пыткам (присутствует очень жесткая сцена в которой люди рубят На’ви хвосты), земляне узнают где, вероятнее всего, скрывается Джейк. Чтобы выследить и доставить Джейка на базу они используют Инквизитора, специально выращенного четырёхметрового атлетического сложения аватара, который управляется старым, но очень опытным командиром диверсионно-десантного отряда (Арнольд Шварценеггер).Под его управлением Инквизитор превращается в грозную силу, как танк сметающую всё на своём пути. Полный решимости отомстить “предателю человеческой расы” и, прокладывая свой путь сквозь джунгли Пандоры, он, в конце концов, захватывает Джейка в плен и доставляет его на базу. Но тут выясняется, что Джейк нужен землянам не из-за мести, а по совсем другой таинственной причине.