Ну.... Для начала можно просто не extrude делать а лофт. Ну уж если так оно вышло то на уровне меша выделить сначала верхнию часть и сделать мешсмуф, ну и тоже самое для нижней. Может сойти.
Еще можно просто выдвинуть весь верхний фейс, а потом его уменьшить. Это тоже может прокатить, смотря чего тебе нужно.