Слишком близко ставишь боксы, и реактор считает, что они уже пересечены... по этому они и проскакивают сквозь другие. Черт, у меня русский макс, но могу лишь указать (лишь примерно) 1 параметр, который позвилит (возможно) устранить такую проблему. В свитке Среда (world по-моему) есть Гравитация (Gravity), далее - Мировой масштаб (World scale), и сразу под ним есть параметр Дополнительное отклонение (как перевести не знаю). Вот его (значение 30 счем-то) надо установить на 1 - 0,5, меньше - будут глюки. Этот параметр отвечает за то, на каком расстоянии просчитывать пересечения.