Разбросаны объекты.

В сцену добавил объекты XRef. Сохранился. Вышел. Включаю- все добавленные объекты разбросаны, даже те что были сгрупированы. Все Backup аналогично.Что делать?

Добавляй не через XRef а через Merge!

Файл слишком большой. Нужно XRef...

Тада незнаю!

сцена, которая содержит сам реф была как то изменена? может в ней чего подвинул?

Похоже это глюк 2008 макса. Любые операции групирования/разгрупирования XRefов ведут к "взрыву" групы при следующей загрузке сцены. Те же операции в 8 максе дают нормальный результат. Лекарство- не групируем

Скорее всего это вызвано разными настройками единиц измерения в ваших 2-х сценах которые вы объединяете. Например: 1-я сцена в милимметрах, а 2-я настроена на дюймы. При объединение таких сцен макс обычно задает вопрос как ему с этим быть и прроблем не возникает.
Однако я сталкивалась с этой проблемой и в 5 максе и в 8-ом и сейчас в 2009. Так что от версии это точно не зависит.
Самый простой способ решить проблему, но не самый удобный это объекты которые вы переносите в другую сцену конвертировать в поли или меш и приотачить все, чтоб вы переносили только 1 объект, а не 33 объединенных в группу.