На счет ави не скажу, но если покадрово рендерить в TIF то там есть альфа канал, который и есть прозрачность, можно воспользоваться этим и слить в ави в Adobe Premiere. А еще можно рендерить, так, что-бы на фоне лежал ави. Может это решит твою проблему.