Могу что-то сказать, если ты в сцене Motion Blur используешь.
В этом случае, получается, что камера объект как бы проезжает и тень для него не генерится. Здесь так просто уже ничего не поделаешь. Если увеличение отсчётов не поможет, то придётся отдельно в Фото@!#$ что-то обрабатывать, либо отдельную сцену для пропущенных кадров генерить.
Других случаев, когда тени отбрасываться перестают я не видел (если, конечно, ты не забыл флажок Cast Shadows выставить или в параметрах рендеринга тени не отметить
).