Кнопка "пауза" там для паузы процесса рендера и предназначена. Не работает она, потому что только для стандартного рендера она активна. А, например, для ментала или вирея она будет недоступна. Не сделали поддержку данной функции (т.е. паузы) для этих рендеров.
"По слоям" значит разбивать сцену на части (напр.: фон, объект, вспомогательные объекты и т.д.) и рендерить отдельно с альфа-каналом, а сводить потом в фотошопе или другом удобном редакторе