CS лучше для анимации двуногих, двуруких и одноголовых одновременно (короче, нормальных людей и животных).
Bones - для всего остального (GORO в Mortal Combat видел?) и для анимации грудной клетки при дыхании.
А еще лучше их комбинировать. напр, гаргулья: тело - CS, крылья - Bones