В режиме редактирования поликов, выделяешь часть на которую надо положить текстуру, затем в меню Selection жмешь SetSelection. Возле обекта появится новый тег, заходишь в него, вводишь имя. Заходишь в тег текстуры уже лежашей на объекте, там в полоске селекшен пишешь имя тега выборки.
Есть еще вариант с альфаканалом наложенным в режиме микс текстурес, в который можно тоже положить текстурку натянутую по УВ каординатам и отпайнтенную в Бодипайнте как тебе хочется и в тех местах где должна проступить другая текстура, либо скажем определенный шейдером Веса вертексов(который тоже должен быть заранее распределен, примерно по томуже принцыпу, что и выборка, только с распределением веса) Это даст плавные переходы то одной текстуры к другой.