Ищи плаги для импорта PDB-файлов в ту 3D-программу, в которой ты работаешь.
Сами файлы PDB (Protein Data Base) ищи на химических сайтах, в хим. базах данных, в дистрибутивах некоторых программ для построения и расчета хим. формул (например HyperChem) бывают примеры белков и нуклеиновых кислот в формате PDB.
ЗЫ: Проверь свою почту.