Ну вообще-то не все так просто.
Имхо для первичной грубой модели надо юзать спец проги, а ля Веб Лаб Вьювер, или молскрипт, потом гнать модель в *.wrl и доводить где нито.
Типа 3Д Макса.
То, что ты, Денис, написал - болл анд стик модель только лишь, да и моделя ее в ручную тяжко добиться правдоподобия научного, ибо для оного нужен *.pdb файл, то бишь координаты атомов.
С уважением.
Горыня.