При текущей логике - никак. В данный момент эффектор воздействует на клонер, который указывает не только размер, но и координаты элементов. При изменении фактора scale будут меняться и координаты свипа, смещая его с грани. Проблему можно решить разными способами, но все они несколько заковыристы и выбор слишком сильно зависит от того, что вы собираетесь делать с этой конструкцией в будущем.
Приложена сценка с самым простым вариантом:
Клонеры разделены на два, один для кубиков, другой для сплайнов. То же самое с деформерами. Один остался таким же (для клонера кубиков), второй (для клонера сплайнов) поменял функцию. Теперь он задает шаг не "Uniform scale", а позиции (25см - это ровно половина размера грани кубика. При изменении размеров кубика, придется менять и это значение), плюс "scale" на ось Z.
Таким образом масштабируется только длина сплайна, а не диаметр, при одновременной транслации координат привязки.
Естественно, теперь при работе с деформерами, придется анимировать сразу оба. Хотя можно организовать привязку значений через Xpresso.