MaxScript

Необходимо заменить все материалы в сцене на все материалы из определенной библиотеки (имена материалов совпадают).

loadMaterialLibrary "d:\\test.mat"
for i=1 to currentMaterialLibrary.count do
meditMaterials = currentMaterialLibrary

Загрузили. А вот действия "Put Material to Scene", который есть в диалоге Material Editor-а, я найти не могу. Или способа реализовать такое действие.

Кто виноват и что делать?

Я бы организовал цикл по объектам сцены и каждому присвоил подходящий материал. Можно наверное их и в редактор не грузить.

Да, так поступить можно.
Правда прийдется для каждого заменяемого материала проходить по всем объектам т.е. n*m итераций.