Как обрезать mesh модификатором boolean при этом сохранив привязку костей?

Как в 3ds max обрезать mesh модификатором boolean при этом сохранив привязку костей к вертексам?

Никак - меняются индексы вершин.

Единственное, что можно попробовать - сохранить у модификатора skin все в отдельный файл, а потом загрузить его на новую сетку, выключив флаг "Load by index".

сохранить у модификатора skin все в отдельный файл

Каким образом это сделать?

В нем есть кнопки save и load, в свитке advanced.