Самое главное отличие, не считая, что исправлены некоторые bug's, то, что 3.1 в свойствах объектов поддерживает rendering with Mental ray, но для этого нужен сам mental ray и Ganesh - plugin для Max3.1 который переводит сцены из Max в формат для Mental ray.
Пожалуй все, но на мой взгляд это большой прорыв для Max в качестве рендеринга.