Boolean

Как работает boolean union ?
если шарики с кубиками, например, объеденять то нормально,
а если сложные объекты (голову с телом) то они просто становятся одним объектом (не исчезает сеть одного обекта вошедшего в другои)

Сделай больше плоскостей. Или подвигай обьекты (изменяй положение).

Что значит сделать побольше плоскостей?

МАХ может некорректно считать булены в ситуациях, когда недостаточно плоскостей. Например когда два BOX-а (по 6 граней) обьединяются.
В таком случае необходимо добавить плоскостей - Для непараметрических обьектов только через MeshSmooth, или HSDS.

как раз с боксами всё нормально
а вот когда много полигонов то не фурычит

Одна из причин неудаления лишнего мэша есть незамкнутость объекта. То есть например в кубе дырок нет - он полностью зашит, а голова имее внизу дырку. Как не парадоксально такая особенность зачастую портит результаты Булевых операций. Перед Булением сделай в эдит поли Border/Select All/Cap.

Да и дыдырок нет я и STL Chek-ом проверял - No errors