Наложить звук

В какой программе лучше всего накладывать звук? Возможно ли это в After Effects

Теоретически - да. Но у АЕ - другая заточка. Ищи звуковые софты с поддержкой видео (по-моему, SoundForge), а не композеры, с поддержкой звука.

да, в афтере вполне возможно!