есть такая кнопка, как Close Holes
но вообще косяки еще неплохо лечатся включением режима Скульптрис Про. Как сглаживанием, так и рисованием. Там просто в этом режиме зебра не обращает внимание какая была сетка до того, а фактически создает новую, сколько нужно плотность и т.п.