скорее всего залито неправильно. Надо режимы смотреть заливки, когда красишь.
Если в режиме покраски, кисть для покраски еще к тому же, когда материал и цвет активированы, то должно нормально вроде объединиться
даже когда булеан использовать, то тоже цвета по идее сохраняются на нужных местах, в том числе в местах вычитаний. Как полипайнт