Делаем проще.. печатаем файл в *.ps через виртуальный принтер, поддерживающий сепарацию. У меня стоит Acrobat Distiller CT. В настройках печати есть опция, где страницу можно разбить на смиковые цвета. Какие не надо, убираешь галочку, какие надо - ставишь (по умолчанию они все там стоят). Потом печатаешь в постскрипт и через дистиллер гонишь... На выходе получается ПДФ, где кажджый цвет на своем листке.. Вот и все..