Студии работающие в традиционной анимации используют программы типа
ANIMO (сейчас возникла куча программ похожих по названию, я говорю про Cambridge Animation Systems Animo). Еще активно используют
Toonz. Обе программы растровые по сути, но Animo обладает способностью менять толщину контура в уже готовом материале (типа как в векторных редакторах). Стоила ANIMO около 7000$, сколько стоит сейчас я не знаю, т.к. недавно компанию Cambridge Animation Systems поглотила другая компания Toon Boom Animation.
Сама Toon Boom Animation — тоже является одной лидирующих компаний среди разработчиков программ для крупных студий. Была у них программа (тоже купленная)
USAnimation, которую использовали все мало-мальски известные студии мира (в России в том числе). Потом программа эволюционировала в одну из программ серии
ToonBoom (то ли
Opus, то ли
Garmony). Вообще ТунБумы специализировались на векторной анимации. Правда в дорогих версиях ТунБума можно сделать мягкие тени, растушевки, маски и т.д.. Впрочем в самой дешевой программе
ToonBoom Studio тоже работают, в частности клепают незатейливые сериалы.
Про 3d в "традиционной анимации". Да, с какого-то момента выяснили что многое рисовать вручную просто нецелесообразно, и стали активно вводить 3d. Однако персонажи и раскраска, всё-таки делаются вручную. Например у диснея есть программа собственной разработки
Deep Canvas. Суть программы в том что на 3d-поверхности как на 2d наносится текстура, причем на фронтальный вид, программа сохраняет нанесенную текстуру, а при изменении ракурса показывает белые незакрашенные части (см. аттач). Можно видео еще посмотреть:
http://www.youtube.com/watch?v=RZA6nitNeYw