Ну на самом деле это делается элементарно, если внимательно присмотреться, и прокрутить анимации кадр за кадром, то вы заметите что настоящего 3д здесь нет. Камера не крутится, а объекты хоть и загораживают друг друга, но только один раз. Выходит что всё что нужно это:
1. В иллюстраторе или фотошопе создать готовую картинку из нужных элементов. (В моём примере это кучка параллелограммов из которых я слепил "кубики")
2. Каждый элемент который должен будет двигаться держать
на отдельном слою.
3. Грамотно упорядочить слои так чтоб слои с элементами которые "дальше от камеры" были внизу, и соответственно то что ближе к камере, должно быть вверху. Именно от порядка слоёв и будет зависеть весь псевдо 3д эффект.
4. Переносим всё это в Афтер, можно напрямую импортировать файл PSD или Ai. Главное в диалоговом окне при импорте рядом с опцией "Import as" указать вариант "composition retain layer sizes". Тогда каждый элемент будет своего истинного размера в композиции.
5. Анимировать задом на перед. Поскольку в фотошопе\иллюстраторе уже есть готовая картинка, и скорее всего в афтер она импортировалась в неизменном виде, то финальный кадр уже есть. Здорово, осталось у каждого элемента открыть канал transform, перетащить головку в конец композиции, и поставить ключ.
6. Оттащить головку на более ранее время, сдвинуть элементы как душа желает...
Ну вот и всё.
Если что не ясно уточняйте спрашивайте.