Возможно, что тело объекта из которого вырезают, состоит из нескольких отдельных элементов.
Возможно объект имеет мелкие дырки, или не сшитые вершины или ребра, это легко не заметить.
Можно попробовать объединить отдельные объекты (которые вырезают) в один.
Можно попробовать добавить дополнительные ребра на плоскость из которой вырезают.