Ну есть смысл включить кнопку Floor что бы видеть по каким осям двигается моделька, а вообще вкладка deformation-unify (самая первая кнопка в меню деформейшн). Объект центрируется, но может уменьшится в размерах. Попробуйте.
Вообще если модель при скульпте сдвинулась с осей, и при этом используется симметричность, логично использовать кнопки Undo (возвращение действий Ctrl+z)