Не получилось ошибку выявить. Как делаешь трансфер, давай уточним.
1. Выделяешь source объект
2. Выделяешь target объект
3. Собственно, transfer
4. Удаляешь историю
5. удаляешь source, т.е. твой averageClone.
Так?
Кстати, если топология одинакова у объектов (а при averageVertices это так) лучше использовать операцию copyMeshAttributes.
Проверь после удаления клона, возможно на оригинале UV-set есть незадействованный, и развертка там.