Make Planar выставляет выделенные элементы (полигоны, рёбра и вертексы) в одну плоскость высчитывая среднеарифметическое положение в пространстве а "Х","Y","Z" выстраивают элементы по определённым осям мировых координат и тот и другой способ очень полезен однако необходимо учитывать, что в обоих случаях "слетают" точно проставленные размеры-это необходимо учитывать!!!Также удерживая клавишу "Ctrl" можно обеспечить планарность разным элементам одного объекта ,даже если они и находятся в разных местах.
Также необходимо научиться работать с группами сглаживания и ориентацией скрытых рёбер при полигональном моделировании .Но это отдельная тема.