Если кернинг в шрифте далёк от совершенства, а то и вовсе его там нет, на выручку приходит Optical Kerning.
Он не только кернинг делает, но и делает его по-разному, в зависимости от кегля, как, собственно, и должно делаться.
Коллега Kassian (если я, конечно, ничего не путаю) о нём так и отзывался — лучше, мол, чем InD-шный Optical, никто автоматического кернинга не делает. Даже, мол, FontLab-овский встроенный, и тот хуже работает.
А Kassian и здесь, и на ProDTP, в плане устройства шрифтов показал себя человеком очень въедливым.
В твоей конкретной задаче можно определить Character Style, в параметрах которого определить Optical Kerning, и с помощью Поиска/Замены назначить этот стиль всем вхождениям нужного тебе буквосочетания. Можно всем подряд, можно выборочно — только определённого кегля, или только определённого Paragraph Style-а, или …