1. При открытии файла в скрипт эдиторе может писаться проблема. Вот там читать надо.
2. Включите Incremental save. Он не затирает файлы, а складывает рядом в папку.
Чтобы в будущем можно было открыть любое предыдущее сохранение.
Сохранять надо просто нажатием ctrl+s, да почаще.