Ну, тут неплохо бы знать версию АЕ и Quick Time
По-видимому проблема в кодеке.
В свойствах экспорта в mov - файл, надо также выбрать кодек, который присутствует на маке. Для DV, напрмер подойдет Apple DV, а для несжатого видео можно попробовать Meridien uncompressed