Разобрался,
1. Рисуем эллипсы
2. Группируем
3. Растеризуем
4. Заливаем необходимым цветом
5. Layer -> Layer Style -> Drop Shadow
6. Экспериментируем с Blend Mode до получения необходимого эффекта.
7. Переносим тень на отдельный слой Layer -> Layer Style -> Create Layer
Интересно как еще это можно реализовать?