Почему так происходит не знаю,как от этой напасти избавиться не представляю,но делаю следующим образом,
Перегоняю сцену с анимацией из MAYA в MAX через FBX (плаги для обоих на http://www.kaydara.com ).В MAXe творю *sd файл, и вот он прекрасно открывается в Real Flow .Далее по сценарию . Геморойно,но работает (MAYA 6.0 / MAX 6.0)