Ээ... если я правильно тебя понял, то тебе надо просто перевернуть нормали этих самых полигонов (flip normals) - такое есть в модификаторе Edit Mesh.
А если я тебя неправильно понял, то, похоже, при соединении ты упустил или забыл удалить где-то какой-то полигон (в серединке, где вершины крепил). Смотри внимательней!..
И вообще, включи Force 2-Sided, может поможет