По первому пункту. Если при коллекте картинки не сохраняются, проверте, при открытом документе, Кварковскую панель Utilities/Usage/Pictures, все картинки должны быть OK, если там модифед или миссинг, в первом случае обновить, во втором указать путь к картинкам.
Вопрос номер два. Картинки травятся в Фотошопе, и им фиолетово куда их засунут, путь останется. Если в Кварке нет клиппинга по путю, смотрите пункт первый. Если их не травили, собственно ничего не будет обтравленно.