При использовании хоть булеана, хоть пробулеана на сложных объектах такая фигня часто бывает. В вашем случае настоятельно рекомендую про него вообще забыть. Лучше всего сложные объекты резать ручками. Едитабле поли - берем выделение "Edge" - в едит геометрия выбираем QuickSlice и чуть выше ставим галочку в Split. После этого режем свой объект, т.е. проводим прямую линию новых ребер. После этого объект оказывается разделенным по этой линии на два элемента (для этого и ставили галочку в split, если ее не поставить, то будет просто линия новых полигонов без разделения на элементы). Затем выделяем одну из половин (внешнюю и внутреннюю оболочки этой половины, понятное дело)и Detach, получается два объекта. Т.к. в вашем случае имеется внутренняя поверхность , то каждый отрезанный объект все равно будет иметь два элемента - внешняя оболочка и внутренняя и их нужно соединить. Для этого нужно взять какие то два соответствующие друг ребра на краях по срезу на внешней и внутренней оболочке, выделить их и соединить посредством Bridge. После этого перейти в выделение Border и выделить получившуюся границу очерчивающую оставшуюся дырку на срезе, после чего нажать Cap и срез полностью закроется. Если же эти два ребра не соединить, то у вас будут две разные Border и после нажатия Cap у вас все закроется полностью, т.е. не будет внутренностей.
Впрочем. в вашем случае у вас же внутренняя и внешняя поверхности соединены через горлышко шара, т.е. являются единой поверхностью, а значит и граница среза будет единой и замкнутой. Так что вы сразу после разделения можете посредством Border и Cap закрыть разрез.
