Да, в настройках печати имеется глюк.
Можно выделить всё объекты и выполнить Filter -> Color -> Overprint Black. Там и процентовку настроить можно, и кое-что ещё.
С XQP, мне кажется, сравнение не вполне корректно. Вот в InD есть цвет Black, его нельзя ни переопределить, ни удалить, также, как Registration. Вот он-то и устанавливается глобальным оверпринтом. В AI такого цвета (swatch-а) нет.