опиши для начала как ты перегоняешь в прокси?
Если ты перегоняешь листву со стволом в один виреймеш то такие вещи наблюдаются, так как один виреймеш поддерживает лишь один материал. Используй материал MultiSubObject, сделай в нем 2 материала (например 1-ый для коры, 2-ой для листвы, ну или сколько тебе там нужно). Далее назначь своему дереву необходимые ID (опять же например 1-ый для коры, 2-ой для листвы, ну или сколько тебе там нужно), соедени все в один меш, а потом конвертируй в прокси