А с чего вы взяли, что нужно что то коннектить на хеир колор? Получается вы втыкаете свой шейдер в один из параметров старого. В итоге у вас работают 2 шейдера сразу.
Почти на любом объекте можно переназначить шейдер аттрибутом miMaterial на трансформ ноде.
Как то так:
hair_obj = 'pfxHair1'
material_SG = 'p_HairTK1SG'
cmds.addAttr(hair_obj, longName = 'miExportMaterial', attributeType = 'bool')
cmds.addAttr(hair_obj, longName = 'miMaterial', attributeType = 'message')
cmds.connectAttr(material_SG + '.message', hair_obj + '.miMaterial', f=True)
cmds.setAttr(hair_obj + '.miExportMaterial', 1)