Есть предположение, что при закрытии PS, он, хоть и изчезает с экрана, но продолжает висеть в памяти. Если при этом перезагрузиться, то неисключено, что PS закрывается не сам, а принудительно. В этом случае он, дествительно, никаких настроек не сохранит.
Но чтобы хоть немного прояснить ситуацию, необходимо уточнить, какой именно Windows. В зависимости от этого и рецепты разные будут. Да и PS -- обновлён ли до 6.0.1?