Файлы .mtl - это уже анахронизм, наследство от Wavefront Advanced Visualizer.
Там при сохранении сцены на диск записывалась куча файлов (отдельно файл анимации, отдельно файлы объектов .obj и за компанию с ними файлы .mtl , в которых хранилась информация о материалах и ссылки на файлы текстур) . Сейчас многие программы - преобразователи форматов автоматически записывают на диск файл .mtl с тем же именем, что и сохраняемый файл .obj
Так что можете смело тереть файлы .mtl , если только у вас до сих пор в пыльном углу не стоит SGI Personal Iris с установленным на нём TAV (The Advanced Visualizer). Эх... были времена ! ( и прослезился )