Если проблема связана с близкорасположенными вершинами - тогда может помочь vertex weld. Но в 99% случаев нужно править руками. То есть резать, remove'ать weld'ить ,collapse'ить в нужных местах. Конкретное решение полностью зависит от модели.
Кроме того, насколько я помню, open edges - это не всегда плохо, края плоскости тоже являются open, но с ними в принцуипе всё хорошо. Для справки - open edges - это рёбра, у которых существует хотя бы одна вершина, не содержашаяся во внутренности(имеется в виду всё кроме выпуклой оболочки) любого объединения полигонов. Вроде бы так.